2．HACCPシステムの構築（手順6～12、原則1～7）
次に、手順6～12は原則1～7を進めます（図1参照）。この部分は、HACCPシステムの重要な項目となります。以下に手順毎の説明と監査のポイントを説明していきます。
（手順6・原則1）危害要因の分析
工程ごとに原材料由来や工程中に発生しうる危害要因（生物的、化学的、物理的）を列挙し、管理手段を挙げていきます（図3参照）。危害要因には、必要に応じて、アレルゲンを含めます。なければならない。監査のポイントとしては、食品材料の製造における工程ごとに危害要因分析が行われているか、危害要因分析は適任者（チーム）によって実施しているかを確認します。
（手順7・原則2）重要管理点（CCP）の設定
危害要因を除去・低減すべき特に重要な工程を決定します（図3参照）。加熱殺菌工程や金属探知工程がCCPに該当します。監査のポイントとしては、危害要因分析により、危害要因が食品製造工程において存在し、GMPによって低減または排除できない場合、重要管理点（CCP）を設定しているかを確認します。
