長崎県は、平坦地が少なく広い農地が取りにくい地形ですが、傾斜地や温暖な気候をうまく活用して、畑作やビワをはじめとした果樹栽培を行っています。2022年の農業産出額は1504億円で、全国23位。その内訳は耕種（穀物、野菜、果樹、花きなど）が906億円で畜産が596億円、耕地面積は田んぼより畑のほうが若干広くなっています。
長崎では江戸時代からミカン栽培も盛んで、なかでも長崎で生まれた「原口早生（わせ）」や「させぼ温州」は、甘くてみずみずしい長崎を代表するミカンです。また、温暖な気候を生かしたトマトの栽培も盛んです。ブランド化も進んでおり、五島列島でとれる中玉の「五島ルビー」や、糖度の高いものだけを厳選した「高島フルーティトマト」などは産地の島の名前をつけて打ち出しています。

長崎県はビワの産地として有名で、2022年の収穫量は年間853トン。全国で33.7％のシェアを占めています。江戸時代から温暖な気候を生かした露地栽培が盛んでしたが、近頃はハウス栽培も増えていて、2月上旬から6月中旬まで出荷されています。みずみずしくて甘く爽やかな味わいで人気です。また、イチゴの収穫量は全国6位。長崎県では温暖で日当たりのいい気候を生かして、主に「ゆめのか」や「さちのか」の栽培が行われています。
野菜では、レタスの収穫量が3万7000トンで、全国4位。主に島原市や南島原市、雲仙市などで栽培され、11月から4月まで出荷されています。温暖な気候により、冬場の出荷では全国的にも主力の産地となっています。また、ジャガイモの栽培も盛んで、北海道、鹿児島に次いで全国3位の収穫量となっています。

長崎県の農業就業人口は他の都道府県と同様に減少傾向にあります。2016年以降は毎年200人以上が長崎県で新規就農しており、2022年の数は277人です。長崎県では、新規就農者の支援に力を入れていて、農業の研修や就農準備など、就農前から経営が確立するまでのステップに応じた支援体制があります。
また、支援制度のある市町村も多く、例えば長崎市では「中高年新規就農者給付金」という事業を進めています。国の制度がカバーできない50歳以上の人でも、条件を満たせば給付金を受け取れるというものです。また、西海市では、市内で新たに就農する人の営農にかかる生活費や経費について、条件を満たせば支援金を受け取れる制度があります。そのほかにも、市町村によってさまざまな支援制度を設けているので、気になった市町村についてあらかじめ調べておくのもおすすめです。