マイナビ農業TOP > 農業ニュース > レストランから「インボイス登録」を求められた農家。登録すべきか否か、判断のポイントを弁護士が解説【農業法律相談所#14】

レストランから「インボイス登録」を求められた農家。登録すべきか否か、判断のポイントを弁護士が解説【農業法律相談所#14】

公開日：2026年06月23日

農家が取引先の事業者からインボイス（適格請求書）への登録を要望され、判断に迷うケースは少なくありません。今回は、インボイス制度の仕組みや経過措置のほか、これまで免税事業者だった場合に発生しうるデメリットについて、弁護士が分かりやすく解説します。

URLをコピー

「インボイスに登録してほしい」。新規取引業者からの依頼

Q.私は個人事業主として、比較的珍しい西洋野菜を栽培している農家です。最近、東京のとあるレストランから、私が栽培している西洋野菜を直接販売してほしいとの依頼を受けました。これまでそのような直接取引を行ったことがなかったため迷っていましたが、オーナーの熱心な説得もあり、そのレストランとの取引を開始することとなりました。取引に関する細かい条件を詰めていく中で、レストラン側から私に対して、インボイスに登録してほしいとの要望を受けました。私はこれまでインボイス登録は行っていなかったのですが、インボイス登録を行わなければならないのでしょうか。

A.インボイス登録を行わない場合、取引を断られる可能性がある一方、これまで消費税について免税事業者であったとしても、インボイス登録を行った場合、消費税の申告・納税が必要となるため、慎重に検討する必要があるものと考えられます。

インボイス制度の概要

消費税は、商品の販売やサービスの提供などの取引に対して、10％又は8％（飲食料品など）の税率で公平に課される税金となります。消費税は、間接税であり、税負担については消費者が負担するものの、納税自体は事業者が行うこととなります。具体的には、事業者は、売上に係る消費税額から仕入に係る消費税額を差し引いた額を納税するという方法で消費税を納税しています。ここで、仕入に係る消費税を差し引くことを仕入税額控除といいます。

2023年10月から、事業者が仕入税額控除を行うためには、原則として、仕入先からインボイス（適格請求書）を発行してもらい、交付されたインボイスを保存しておく必要があるものとされています。インボイスは、適格請求書発行事業者しか発行することができません。従って、インボイスを発行するためには、税務署宛てにインボイス登録の申請を行う必要があることとなります。

買い手にあたる事業主は、原則としてインボイスの発行を受けない限り仕入税額控除ができないため、消費税として納税しなければならない納税額が増額することになります。これは端的に買い手の不利益であるといえます。従って、買い手としては、仕入先として、適格請求書発行事業者とそれ以外を選べるのであれば、適格請求書発行事業者を選ぶことが経済的に合理性のある選択であるということとなります。

なお、インボイス制度開始後6年間は、経過措置として、適格請求書発行事業者以外からの仕入れについても、仕入税額相当額の一定割合（2026年9月末日までは80％、2026年10月1日から2030年9月末日までは50％）が例外的に控除可能であるとされています。

従って、適格請求書発行事業者以外からの仕入れについて、仕入控除が全くできなくなるのは、2030年10月1日以降であることとなります。もっとも、前述の通り、2026年10月1日からは控除できる割合が50％となることから、買い手からすると、以前よりもさらに適格請求書発行事業者以外からの仕入れを避けるインセンティブが働くことになります。

ご質問者様に対して、東京のレストランがインボイス登録の要請をおこなったのも、このようなインボイス制度の概要及び経過措置の背景を踏まえてのことだと思われます。